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En 1658 don Juan de Loaysa lleva a cabo la remodelación de la sala-librería. Se volvieron a colocar los libros (unos veinte mil volúmenes), ordenándose siguiendo la numeración de armarios desde la izquierda conforme se entra en la sala. Los estantes están divididos en cajones, y arriba tiene cada estante una tarjeta con su facultad. En el lado izquierdo se encontraban las disciplinas de Gramática (tablas 1 a 6), Retórica (7 a 16), Historia (17 a 26), Filosofía (28 a 38), Astrología (40 a 42), Música (44), Medicina (45 a 52)... el resto de Derecho civil y canónico. A la diestra, ocupando las tablas 85 a 128 (aunque algunas faltan) se situaba la Teología moral, Escolástica, Sagrada Escritura, Doctrina piadosa, Oficio divino. El resto lo componen lo que podríamos llamar misceláneas.

Este cambio dejó obsoletos los inventarios, tanto el de 1522 como otros posteriores que no se conservan. El propio Loaysa elaboró uno nuevo, ABCdario borrador y Memoria de todos los libros que oi están en la Librería de esta Santa Iglesia Metropolitana y Patriarchal de Sevilla, el cual se acabó de hacer en 11 de abril de 1684. Éste, que aún se conserva en la Biblioteca Capitular con sig. 57-1-19, es un intento de ordenar los fondos.

Este inventario de 345 folios irregulares se nos presenta estructurado en tres partes. De la hoja 1 a la 249 están las facultades de Artes y Ciencias, siguiendo una ordenación por autores (también algunas materias) y cada letra dividida por los diferentes cajones. De los folios 250 a 310 están los Tratados varios diversorum con un orden similar a las páginas anteriores, indicando los distintos cajones dentro de cada una de las letras del alfabeto, si bien añade la variante de dividir por los distintos formatos (8º, 4º, folio). Los folios 311 a 345 están ocupados por los Tratados sueltos y fragmentos, entre los que distingue aquellos que se encuentran en formato folio del resto; aparecen ordenados alfabeticamente, sin indicación topográfica de cajones; a cada asiento le siguen las letras e (La E quiere deciz Entero o cabal por estarlo el Libro o tratado) o f (y la F Fragmento o falto por no estar cabal el libro o papel). En ocasiones los registros ofrecen la información añadida de la lengua del texto, el soporte (vitela) y el sistema de producción (manuscrito).

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